قائد انقلاب اسلامی آیت اللہ العظمی خامنہ ای نے عالم ربانی حضرت آيت اللہ بہجت کے انتقال پرملال پر اپنے تعزیتی پیغام میں فقیہ بے بدل اور عارف بے نظیر کی رحلت کو نا قابل تلافی خسارہ قرار دیا اور اس مصیبت عظمی پر حضرت بقیۃ اللہ ارواحنا فداہ، بزرگ علمائے کرام، مراجع تقلید، آپ کے معزز بازماندگان اور جملہ عقیدت مندوں کے لئے صبر جمیل کی دعا کی۔ تعزیتی پیام کے متن مندرجہ ذیل ہے:

بسم اللہ الرحمن الرحیم
انا للہ و انا الیہ راجعون

بڑے غم اور افسوس کی یہ خبر موصول ہوئی کہ عالم ربانی، فقیہ عالی قدر، اور عارف روشن ضمیر حضرت آيت اللہ حاج شیخ محمد تقی بہجت قدس اللہ نفسہ الزکیہ نے دار فانی کو وداع کہا اور جوار رحمت حق سے ملحق ہو گئے۔ میرے لئے اور اس مرد بزرگ کے جملہ عقیدت مندوں کے لئے یہ سنگین مصیبت اور نا قابل تلافی خسارہ ہے۔ ثلم فی الاسلام ثلمۃ لا یسدھا شئ عصر حاضر کے برجستہ مراجع تقلید میں شمار کئے جانے والے یہ بزرگوار، عظیم معلم اخلاق و عرفان اور بے کراں فیوضات معنوی و روحانی کا سرچشمہ تھے۔ اس پارسا و پرہیزگار کا با صفا و نورانی قلب اور آپ کا عطر انگیز کلام متلاشیوں کے لئے علمی و فکری راہنما تھا۔
میں حضرت بقیۃ اللہ الاعظم ارواحنا فداہ کی بارگاہ میں قلبی تعزیت پیش کرتا ہوں، اسی طرح علمائے کرام اور مراجع عظام نیز آپ کے شاگردوں، عقیدت مندوں، آپ سے کسب فیض کرنے والوں بالخصوص آپ کے معزز خاندان اور فرزندان ارجمند کو تعزیت پیش کرتا ہوں۔ میں اپنے اور دیگر متاثرین کے لئے اللہ تعالی کی بارگاہ میں صبر و ضبط اور ان برزگوار کی روح مطہرہ کے لئے رحمت و مغفرت کی دعا کرتا ہوں۔

السلام علیه و رحمه الله
سیدعلی خامنه ای
27/اردیبهشت/1388
22/جمادی الاول/1430