قائد انقلاب اسلامی آيت اللہ العظمی سید علی خامنہ ای نے بزرگ عالم دین آيت اللہ الحاج شیخ حسین علی منتظری کے انتقال پر ایک تعزیتی پیغام جاری فرمایا:
پیغام مندرجہ ذیل ہے:
بسم اللہ الرحمن الرحیم

اطلاع ملی کہ ممتاز عالم دین آیت اللہ الحاج شیخ حسین علی منتظری رحمت اللہ علیہ نے دار فانی سے دار جاودانی کی جانب کوچ فرمایا۔ آپ تبحر علمی کے مالک اور ممتاز استاد تھے اور بڑی تعداد میں شاگرد آپ سے بہرہ مند ہوئے۔ مرحوم کی زندگی کا طولانی حصہ عظیم الشان امام (خمینی رہ) کی تحریک کی خدمت میں گزرا اور آپ نے اس راہ میں بڑی جد و جہد کی اور سختیاں اٹھائيں۔
امام (خمینی رہ) کی حیات مبارکہ کے آخری ایام میں بہت بڑی آزمائش کی گھڑی پیش آئی جس کے سلسلے میں اللہ تعالی سے میری دعا ہے کہ اس پر اپنی مغفرت و رحمت کا پردہ ڈالے اور دنیوی سختیوں کو اس کا کفارہ قرار دے۔ اینجانب مرحوم کے جملہ پسماندگان بالخصوص آپ کی زوجہ محترمہ اور اولاد کو اس انتقال پر تعزیت پیش کرتا ہوں اور مرحوم کے لئے اللہ تعالی کی رحمت و مغفرت کی دعا کرتا ہوں۔

سید علی خامنہ ای
29 آذر 1388
(20 دسمبر2009)