قائد انقلاب اسلامی آیت اللہ العظمی خامنہ ای نے عالم ربانی حضرت آيت اللہ بہجت کے انتقال پرملال پر اپنے تعزیتی پیغام میں فقیہ بے بدل اور عارف بے نظیر کی رحلت کو نا قابل تلافی خسارہ قرار دیا اور اس مصیبت عظمی پر حضرت بقیۃ اللہ ارواحنا فداہ، بزرگ علمائے کرام، مراجع تقلید، آپ کے معزز بازماندگان اور جملہ عقیدت مندوں کے لئے صبر جمیل کی دعا کی۔ تعزیتی پیام کے متن مندرجہ ذیل ہے: